В 490 році до н.е. армія персів була готова до походу на континентальну Грецію для того, щоб покарати Афіни за підтримку Іонійського повстання. Військо персів не було дуже великим (16-20 тисяч), але достатнім, як вважали перси, для завоювання Греції. На шестистах кораблях перси перетнули море Егейськоє, захопивши по дорозі Наксос, а потім острів Евбею. На острові Евбея знаходилося місто Еретрія, яке, як і Афіни, на думку персів, був винуватий в допомозі іонійським містам. Еретрія був узятий і повністю зруйнований. Ті жителі міста, які не змогли сховатися в горах, були захоплені в полон і пізніше продані в рабство. Потім армія персів висадилася в Аттіці, в 40 кілометрах від Афін, біля містечка сучасного містечка Марафон. Афіни послали по допомогу до Спарти. Спарта, будучи у той час головною військовою силою в Греції, відразу вислала допомогу, але спартанська армія запізнилася на початок битви, хоча і пройшла швидким маршем більше 200 кілометрів за три дні. Самі Афіни зібрали всі свої сили – десять тисяч тяжкоозброєних пехотінцев-гоплітов. Ще близько тисячі чоловік прислали союзники Афін – Платєї. На військовій раді афінських стратегів було прийнято рішення не чекати допомоги Спарти, а самим атакувати армію персів самостоятельно.13 Вересня 490 року до н.е. у Марафону відбулася знаменита битва. Грецька фаланга, сильно розтягнута по фронту, мала сильні фланги і ослаблений центр. Бой почався атакою греків. Перси зуміли в центрі перейти контратаку, і прорвати лад греків. Але фланги греків перекинули сили, що протистоять ним, і вийшли персам в тил. Після цього персів охопила паніка, і результат битви був вирішений на користь греків. Ті перси, які зуміли прорватися, в поспіху занурилися на кораблі. Перси спробували підійти до Афін морем, але греки швидким маршем подолали відстань до Афін, і не дали персам зробити висадку у стенів міста. Таким чином, флоту персів нічого не залишалося робити, як повернутися назад.
Історія Афін